Idealna szczepionka powinna być silnie immunogenna, dawać długotrwałą, solidną odporność, cechować się stabilnością przez okres trwałości, być możliwą do stosowania w akcjach masowych, nie wywierać niepożądanych efektów, ponadto odporność poszczepienna powinna dać się odróżnić od odporności indukowanej przez zakażenie naturalne. Jednak nie ma w świecie rzeczy idealnych. Ale firmy farmaceutyczne cały czas wykonują prace mające na celu udoskonalenie szczepionek i ograniczenie ich działań niepożądanych do minimum, a liczne instytuty naukowe w Polsce i za granicą zajmują się badaniami na temat szczepień zwierząt i publikują prace naukowe oraz organizują szkolenia lekarzy weterynarii, podczas których propagują nowoczesną wiedzę i wyważone spojrzenie na temat szczepień. Obecnie wszystkie dostępne na polskim rynku szczepionki należą do bezpiecznych i korzystnych dla ogółu populacji, co nie znaczy że są w 100% bezpieczne dla pojedynczego osobnika, którego reakcja na szczepienie może być indywidualna i zupełnie nieprzewidywalna, gdyż jest to zewnętrzna ingerencja w układ odpornościowy organizmu, a to daje niebezpieczeństwo wystąpienia powikłań. Główne niebezpieczeństwo szczepień stanowią poszczepienne choroby i przełamania odporności. Wynikają one z faktu, iż po podaniu szczepionki osobnikowi, następuje krótkotrwałe obniżenie odporności na skutek reakcji obronnej organizmu w wyniku rozpoznania obcego czynnika i wytwarzaniu przeciwciał skierowanych przeciw danej bakterii lub wirusowi (albo całej ich grupie) zawartymi w szczepionce. Po okresie tygodnia do dwóch układ odpornościowy zdrowego osobnika wraca do normy, zyskując dodatkowo odporność przeciw danemu mikroorganizmowi, przeciw któremu został zaszczepiony. Natomiast szczepienie zwierzęcia chorego, może pogłębić objawy chorobowe lub u nosicieli wywołać aktywację choroby w wyniku dodatkowego obciążenia układu immunologicznego szczepieniem, co może skutkować cięższym przebiegiem procesu chorobowego oraz rekonwalescencji organizmu lub nawet śmiercią osobnika. Szczepienie osobników z osłabionym układem immunologicznym może spowodować zapadnięcie na chorobę, przeciwko której zwierzę zostało zaszczepione, jednak tylko w przypadku stosowania szczepionek z żywymi mikroorganizmami, wskutek zachowania resztkowej zjadliwości inaktywowanych zarazków. Mogą również wystąpić szkody poszczepienne mające związek ze szczepieniem, ale nie ze swoistymi chorobami poszczepiennymi, a objawiające się podrażnieniami miejscowymi, ropniami, czy reakcjami alergicznymi. Dlatego tak ważne jest właściwe planowanie szczepień, badanie kliniczne zwierzęcia przez lekarza weterynarii oraz wywiad zebrany od właściciela zwierzęcia przed szczepieniem, a następnie wnikliwa obserwacja zwierzęcia przez właściciela po szczepieniu. Reakcje poszczepienne są jednak niezwykle rzadkie (równie rzadkie jak w przypadku szczepień u ludzi) i na ogół dotyczą osobników z upośledzonym układem odpornościowym, a mogą być wywołane przez nieprawidłową reakcje organizmu na daną szczepionkę, nieprawidłowo zrealizowany program szczepień, a także mogą dotyczyć sposobu wykonania szczepienia. Współczesna medycyna weterynaryjna dysponuje wiedzą jakie szczepionki są najskuteczniejsze i najbezpieczniejsze, dające znikomy odsetek powikłań oraz jak łączyć szczepionki i jak je podawać, aby uniknąć niepożądanych skutków szczepień.
