Charakter odpowiedzi immunologicznej zależy od tego w jaki sposób następuje kontakt z czynnikiem zakaźnym. Może to być bezpośredni kontakt z drobnoustrojem (podczas zakażenia) lub z antygenami zawartymi w szczepionce (podczas szczepienia), a kontakt ten może być pierwszym zetknięciem się organizmu z czynnikami zakaźnymi lub mogą być to kolejne ekspozycje. Pierwotna odpowiedź immunologiczna pojawia się po pierwszej ekspozycji na antygen z reguły po kilku lub kilkunastu dniach i cechuje się niskim mianem przeciwciał, które osiągają maksymalne miano po około 2 tygodniach. Następnie miano przeciwciał powoli spada. Powtórna ekspozycja na ten sam antygen wywołuje odpowiedź wtórną, która jest efektem istnienia komórek pamięci immunologicznej, a pojawiają się one w następstwie pierwszego kontaktu organizmu z antygenem. W odpowiedzi wtórnej reakcja układu odpornościowego jest znacznie szybsza, swoiste przeciwciała pojawiają się w surowicy po 2-4 dniach, osiągają wysokie miano i utrzymują się znacznie dłużej w krwioobiegu niż w odpowiedzi pierwotnej. Zasada szczepień oparta jest na dwóch elementach odporności nabytej – swoistości w stosunku do danego drobnoustroju (lub całej grupy drobnoustrojów) oraz pamięci immunologicznej. Szczepienie indukuje odpowiedź układu odpornościowego, która polega na produkcji przeciwciał. Odporność poszczepienna pojawia się po pewnym czasie (10-14 dni) i trwa miesiące, a niekiedy lata, cechując się wysokim mianem przeciwciał, które stopniowo spada, osiągnąwszy wreszcie tak niski poziom, który nie wystarcza do odpowiedniej reakcji immunologicznej w przypadku zakażenia, aż do całkowitego zaniku. Istnieje możliwość zwiększenia i nasilenia czasu trwania tej odporności dzięki indukcji pamięci immunologicznej, a ten cel osiąga się przez okresowe powtarzanie szczepień. W immunoprofilaktyce zwierząt należy zawsze mieć na uwadze wiek, rasę, gatunek zwierzęcia, a także stan zdrowia, tryb życia i warunki środowiskowe w których żyje, a w przypadku młodych zwierząt dojrzałość układu immunologicznego oraz istnienie odporności biernej przekazanej przez matkę w życiu płodowym i podczas karmienia siarą i mlekiem. Szczepione zwierzę musi być zdrowe (nie dotyczy to jednak chorób przewlekłych, np. cukrzycy) i odrobaczone, gdyż w przypadku dużego zarobaczenia szczepionka może okazać się nieskuteczna. Nie należy szczepić zwierząt chorych, samic w okresie ciąży oraz młodych zwierząt poniżej 6 tygodnia życia. Celem uniknięcia ryzyka neutralizacji antygenów zawartych w szczepionce przez przeciwciała matczyne przekazane potomstwu, wskazane jest szczepienie potomstwa w okresie, kiedy odporność bierna zanika. Jeśli noworodek jest pozbawiony siary (pierwszych partii mleka matki z immunoglobulinami), w przypadku schorzeń poporodowych lub śmierci matki, można przeprowadzić szczepienie znacznie wcześniej, gdyż zwierzę pozbawione przeciwciał matczynych jest bardziej podatne na zakażenie chorobami zakaźnymi. Siara stanowi bowiem naturalną drogę uzyskania odporności biernej, chroniącej organizm zwierzęcia w pierwszych tygodniach życia przed infekcjami groźnymi dla młodego organizmu, zwłaszcza wartościowa jest siara pochodząca od matek regularnie szczepionych przeciw chorobą zakaźnym, szczególnie zaszczepionych w odpowiednim momencie przed zajściem w ciążę.
